Un equipo del Centro Nacional de Microbiología ha utilizado muestras de pacientes con COVID-19 de diferentes comunidades autónomas para secuenciar el genoma del SARS-CoV-2. El estudio permite identificar mejor las distintas secuencias del virus en España, analizar su comportamiento y comprender mejor su difusión.
Científicos del Laboratorio de Virus Respiratorios del Centro Nacional de Microbiología (CNM) del Instituto de Salud Carlos III (ISCIII) han realizado la secuenciación completa del nuevo coronavirus SARS-CoV-2 gracias al uso de muestras respiratorias de pacientes procedentes de diferentes áreas geográficas de España.
Su trabajo, al aportar una secuencia muy completa y sin indeterminaciones, permitirá conocer mejor las características del virus, analizar pequeños cambios específicos que definen su comportamiento y comprender mejor su circulación y difusión entre la población.
Según explica María Iglesias, investigadora de este laboratorio, se ha logrado la secuencia del virus completo gracias al uso de nuevos métodos de trabajo optimizados y desarrollados en el CNM para la secuenciación completa del virus, entre los que se incluyen nuevos procesos de análisis bioinformático para la obtención de las secuencias genómicas del SARS-CoV-2.
De acuerdo al conocimiento actual del virus, las secuencias del SARS-CoV-2 se agrupan en 9 ‘clados’ distintos. Los clados son grupos filogenéticos que definen la evolución biológica de un organismo, y en ellos se observan las diferencias genéticas de los coronavirus circulantes de todo el mundo, que explican cómo actúan y se comportan.
Así, las secuencias españolas del SARS-CoV-2 se han relacionado con 3 clados diferentes, denominados S, G y V. El estudio de secuenciación se ha realizado directamente sobre muestras clínicas del virus (no con cultivos de laboratorio) con apoyo de las Unidades de Bioinformática y Genómica del CNM.
El análisis se ha llevado a cabo con muestras clínicas procedentes de País Vasco, Madrid, Andalucía, Castilla-La Mancha, Castilla y León, Cataluña y Galicia, lo que permite observar un mapa de la circulación y características de circulación del virus por toda España.
El análisis realizado permite caracterizar cómo se relacionan las diferentes secuencias publicadas hasta el momento, tanto entre sí como con secuencias internacionales, y aporta nuevo conocimiento sobre la circulación del virus a escala autonómica y nacional.
También revela informaciones más concretas, como la ubicación de secuencias procedentes de Andalucía en un clado distinto al del resto de secuencias españolas, que se asocian filogenéticamente con secuencias procedentes de virus analizados en pacientes ingleses.
El desarrollo y la validación de nuevos métodos de secuenciación masiva permitirán aumentar, en un futuro muy próximo, el número de secuencias españolas disponibles en las bases de datos procedentes de todas las comunidades autónomas.
Haber logrado esta secuenciación del SARS-CoV2 también facilitará el estudio de pequeños cambios específicos del virus, comprender mejor su difusión y circulación, y conocer más en profundidad sus características genéticas.
La actual secuenciación “es muy completa y ofrece información sin ningún tipo de indeterminaciones, lo que permitirá su uso en estudios comparativos globales”, explica Iglesias. La investigadora señala que esta secuencia ofrece más información en torno al virus, algo fundamental para desarrollar nuevas herramientas que mejoren el manejo de la enfermedad.
Toda la información de las secuencias obtenidas por el CNM ya es de acceso público desde diferentes plataformas, como GISAID y Nextstrain, entre otras. En España hay otras iniciativas en torno a la secuenciación completa del nuevo coronavirus, como, entre otras, la de la Comunidad de Madrid y un proyecto liderado por la Fundación Fisabio de la Comunidad Valenciana, que ya obtuvo hace unas semanas una primera secuenciación del virus, en su caso obtenido de tres muestras de un mismo hospital.
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