Investigadores de IrsiCaixa han analizado secuencias del genoma de 1.700 coronavirus SARS-CoV-2 que actualmente circulan por el mundo. Los científicos han definido la primera secuencia consenso del virus, a partir de la cual han podido hacer una lista de 3.000 péptidos que podrían activar la inmunidad a largo plazo contra la COVID.
La emergencia sanitaria ha llevado a la comunidad científica a hacer un gran esfuerzo para poder entender la respuesta inmunitaria contra el virus en tiempo récord, pero todavía hay muchas incógnitas a resolver.
Ahora, un estudio liderado por IrsiCaixa, centro impulsado conjuntamente por la Fundación "la Caixa" y el Departamento de Salud de la Generalitat de Catalunya, y apoyado por la campaña de mecenazgo #YoMeCorono, Grifols y el Instituto de Salud Carlos III describe la primera secuencia genética consenso del SARS-CoV-2 representativa del genoma completo de 1.700 virus. A partir de esta secuencia han podido hacer una lista de entre 1.500 y 3.000 péptidos –pequeños fragmentos de proteínas– que sirven para estudiar con un grado máximo de detalle la respuesta inmunitaria de las células T contra el coronavirus.
El artículo se ha sido publicado en la revista Vaccines. "Se trata de una herramienta clave para el análisis de la respuesta inmunitaria que permitirá acelerar la investigación y el desarrollo de una vacuna, por eso lo teníamos que hacer accesible a todo el mundo", remarcan los líderes del estudio, Christian Brander y Julia G. Prado, investigadores de IrsiCaixa.
El sistema inmunitario es el encargado de proteger nuestro cuerpo de patógenos como los virus. Uno de los mecanismos al detectarlos n virus es la respuesta inmunitaria adquirida, que incluye los conocidos anticuerpos, encargados de neutralizar el virus y las células T, capaces de identificar y destruir las células de nuestro cuerpo infectadas por el virus. Esta acción de las células T se conoce como inmunidad celular, es persistente en el tiempo y sirve como ‘memoria’ en futuras infecciones.
"Detectar si se ha desencadenado una respuesta inmunitaria celular es complicado, ya que hay que conocer qué partes del coronavirus activan las células T", explica el investigador asociado en IrsiCaixa Alex Olvera, primer autor del artículo junto con el investigador asociado Marc Noguera-Julian.
Hasta ahora, los estudios publicados se han centrado o bien en algunas proteínas virales o bien en secuencias únicas del virus. "No queríamos obviar una parte de la respuesta inmunitaria que parece ser clave en la generación de la memoria inmunológica frente al virus. Es por eso que hemos diseñado esta herramienta, un listado de moléculas que permite tener en cuenta el genoma completo del virus y su capacidad de variación", añade Noguera-Julian.
Los investigadores han comparado las secuencias completas de 1.700 genomas de SARS-CoV-2 circulantes por todo el mundo y disponibles en plataformas online públicas. A través del análisis de todos estos datos han podido definir una secuencia genética representativa del virus, así como obtener un listado de todos los posibles fragmentos de proteínas que puede producir el virus.
"Hemos visto que el SARS-CoV-2 no muta mucho y no es un virus con mucha variabilidad genética, a diferencia por ejemplo del VIH, pero hay que tener en cuenta cuáles son las posibles variantes para poder estudiar la respuesta inmunitaria que se generará frente a cada uno de los virus y no perder ningún detalle", remarca Olvera.
Además, han detectado que algunos de los péptidos están muy conservados entre varios virus de la familia coronavirus. “Esto puede ser clave para generar una reacción cruzada, es decir una respuesta inmunitaria capaz de proteger tanto del virus del resfriado común como del SARS-CoV-2”, apunta Noguera-Julian.
Esta herramienta permite a los investigadores de IrsiCaixa estudiar la inmunidad celular contra el SARS-CoV-2. "Queremos entender qué respuesta inmunitaria hay detrás de los individuos que no generan anticuerpos contra el virus y pasan la infección por SARS-CoV-2 con poca sintomatología clínica y qué péptidos son capaces de inducir esta respuesta”, comenta G. Prado. Además, “el uso generalizado de esta secuencia consenso en la investigación del sistema inmunitario contra el SARS-CoV-2 asegurará la comparabilidad y reproducibilidad de los resultados entre laboratorios y esto acelerará mucho el proceso de investigación”, concluye Brander.
Referencia:
Christian Brander et al. "SARS-CoV-2 Consensus-Sequence and Matching Overlapping Peptides Design for COVID19 Immune Studies and Vaccine Development" Vaccines
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