ProteoRed, 21 laboratorios al servicio de la investigación proteómica

"La idea es facilitar el acceso de los investigadores a las técnicas proteómicas. Nuestros laboratorios ya estaban operativos, pero desde la creación de la plataforma hemos recorrido un trayecto importante de estandarización y modernización tecnológica", afirma Juan Pablo Albar, coordinador general de ProteoRed desde el nodo central en el Centro Nacional de Biotecnología, del Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC), en Madrid.

ProteoRed está organizada en seis nodos que se dirigen desde Madrid, Bilbao, Barcelona, Salamanca, Valencia y Córdoba. En el caso de Salamanca, el responsable del proyecto es Xosé Bustelo, científico del Centro de Investigación del Cáncer (CIC). Desde este centro se cubre la demanda de parte de Castilla y León y de Galicia, que tiene su propia sede asociada a Salamanca.

"Nosotros no nos ocupamos de un proyecto de investigación en concreto, sino que ofrecemos servicios puntuales a los científicos para experimentos que necesiten identificar y caracterizar proteínas a través de técnicas diversas como la espectrometría de masas, la electroforesis bidimensional o la cromatografía líquida", comenta el responsable. No existe una especialización por parte de los nodos ni de los laboratorios por las propias características de los servicios que ofrece la plataforma, puesto que lo importante para los distintos grupos de investigación es poder acudir a laboratorios cercanos que les ofrezcan lo que necesitan con rapidez. Además, la demanda en cada nodo resulta muy heterogénea. En cualquier caso, dentro de la estructura de ProteoRed sí que existen grupos de trabajo especializados, siete en total, que tratan de perfeccionar diversos aspectos relacionados con el funcionamiento de toda la plataforma.

Funciones

Las funciones son la implementación tecnológica, las recomendaciones sobre el manejo y almacenamiento de muestras, la promoción de experimentos multicentro, el soporte bioinformático, el establecimiento de los precios y la organización funcional, la promoción y difusión de las técnicas de proteómica en general, la internacionalización y conexión con plataformas europeas y, finalmente, un grupo de nueva creación orientado a evaluar las nuevas técnicas biomédicas. "Para el futuro, debemos ir pensando qué técnicas de análisis nuevas podemos incorporar, de hecho ya existen diferentes formatos, como las micro-matrices (micro-arrays) de proteínas o MS-imaging, pero la mayoría están aún lejos de ser técnicas robustas", señala Albar.

Las diferentes técnicas proteómicas tratan de identificar las proteínas de una célula o un organismo, determinar qué funciones tienen y cómo se comportan ante diferentes situaciones así como analizar sus interacciones. Ello es fundamental tanto para la investigación básica como para la orientada al desarrollo de fármacos, entre otras. Además, según el coordinador de la plataforma, en el momento actual es necesario "poner al médico en el centro de la escena, porque existe mucha demanda en Medicina para el uso de las técnicas proteómicas".

Un proyecto consolidado
Tras ponerse en marcha en 2005, ProteoRed es un proyecto "consolidado de forma notable", según el coordinador general, Juan Pablo Albar, que destaca el hecho del reconocimiento internacional que ha tenido la plataforma. "La foto inicial no es la foto final", asegura, puesto que el proyecto partía con bastante "heterogeneidad en la calidad de los servicios" y ha sido necesario "robustecer los flujos de trabajo". Apenas tres años después, ProteoRed puede presumir de haber participado con éxito en competiciones internacionales de Proteómica que tratan de fomentar el perfeccionamiento de las técnicas y los servicios.

Estas pruebas consisten, por ejemplo, en distribuir diferentes muestras entre las redes de varios países y plantear distintos retos para ver qué resultados son capaces de obtener las redes participantes. Asimismo, "pasamos la evaluación de un panel de expertos internacionales", señala Albar, algo absolutamente necesario, ya que entre los requisitos que exigen muchas publicaciones internacionales a los científicos para poder publicar es que la calidad de las pruebas de Proteómica esté contrastada.

En este sentido, algunas técnicas, como la espectrometría de masas, pueden presentar una excesiva heterogeneidad, ya que en ocasiones los resultados dependen del equipamiento con el que cuente cada laboratorio, de manera que existen iniciativas internacionales para incorporar criterios de calidad y transparencia. Así, ProteoRed mantiene relaciones con otras plataformas europeas y de Iberoamérica y entre sus funciones está también la organización de cursos, seminarios y encuentros para la divulgación de novedades, como las técnicas bioinformáticas, y la permanente actualización de los profesionales. Para el futuro, algunas preguntas pasan por la posible especialización de algunos nodos o laboratorios e incluso por integrarse más en otras redes europeas e internacionales, según Juan Pedro Albar.