La base de datos online proporciona el perfil genómico de 461 cepas, procedentes de 41 hospitales situados en 13 regiones de España. Este recurso ha sido posible gracias a una nueva metodología que permite obtener secuencias completas de manera más rápida y a gran escala.
En las secuencias genómicas de las bacterias se encuentra la clave para conocer si estas podrán combatirse con ciertos antiobióticos. Dada su importancia para la salud pública, sus perfiles se han agrupado en la primera biblioteca española de bacterias resistentes a los antibióticos.
La base de datos digital, con cerca de 500 bacterias, ha sido publicada por el Centro Nacional de Análisis Genómico (CNAG), Roche Diagnostics y el Complejo Hospitalario Universitario A Coruña-Instituto de Investigación Biomédica A Coruña (INIBIC), gracias a una nueva metodología que permite obtener genomas bacterianos completos de manera más rápida y a gran escala.
Esto posibilita el seguimiento rutinario de los patrones de transmisión de esta resistencia. Según Tyler Alioto, autor del estudio y líder del equipo del CNAG, “la caracterización completa de las bacterias solo se puede lograr con ensamblajes completos del genoma que proporcionen el cromosoma principal, además del conjunto de plásmidos y su número de copias”.
“Para demostrar que esto se puede hacer a gran escala, secuenciamos 500 bacterias resistentes a los antibióticos con una combinación de tecnologías genómicas de última generación y desarrollamos un flujo de trabajo automatizado para procesar los datos”, añade.
El portal inCREDBle, que es el nombre de esta biblioteca de ADN disponible para consultas, exploración y descargas, recopila un total de 461 cepas bacterianas resistentes a los antibióticos, recogidas de 41 hospitales situados en 13 regiones diferentes de España.
La nueva base de datos digital complementa el perfil genómico de estas bacterias con datos clínicos, geográficos y microbiológicos, y con otros estudios online relacionados con la resistencia antimicrobiana, convirtiéndose en el recurso más completo para estudiar las enterobacterias, una de las familias más resistentes a los antibióticos.
Distribución de las bacterias resistentes a los antibióticos por localización geográfica a nivel nacional. / CNAG
El principal objetivo es proporcionar más información sobre los mecanismos por los cuales las especies del orden Enterobacterales adquieren o desarrollan esta resistencia a los medicamentos, así como también de los mecanismos subyacentes de diseminación.
“Una de las estrategias que propone el Centro para el Control y Prevención de Enfermedades (CDC) en EE UU para la vigilancia de la resistencia antimicrobiana es el monitoreo de patógenos resistentes o multirresistentes. Justamente la base de datos genómica que hemos creado permite la identificación, localización y seguimiento de las bacterias gramnegativas que portan uno de los mecanismos de resistencia a antibióticos más peligrosos, las enzimas llamadas carbapenemasas”, afirma Germán Bou, autor del estudio.
“El trabajo puede servir para futuros estudios con un mayor número de cepas y que incluyan una mayor diversidad de patógenos resistentes. Esto permitiría una información dinámica y a tiempo real sobre la transmisión de microorganismos multirresistentes en nuestro país”, destaca Bou, responsable del INIBIC.
El trabajo puede servir para futuros estudios con un mayor número de cepas y que incluyan una mayor diversidad de patógenos resistentes. Esto permitiría una información dinámica y a tiempo real sobre la transmisión de microorganismos multirresistentes en nuestro país
El estudio proporciona nuevos datos relacionados con la estructura de los plásmidos, precisamente por su papel importante en la transmisión de la resistencia antimicrobiana. Un conocimiento profundo de estos mecanismos podría ayudar a producir tratamientos más efectivos que eviten dicha resistencia.
“Las bases de datos como esta son realmente importantes para comprender la genética y biología con las que algunas de estas bacterias actúan contra los antibióticos. Son una herramienta muy valiosa para la investigación; ayudan en el desarrollo de nuevos métodos de diagnóstico y terapias de alto impacto para estos peligrosos microorganismos”, continúa Miguel Álvarez-Tejado, de Roche Diagnostics.
Las bacterias resistentes a los antibióticos, causantes de infecciones respiratorias y urinarias, se han convertido en una preocupación para la salud pública en todo el mundo debido a su capacidad para desarrollar resistencia a los antibióticos más efectivos hasta la fecha, los carbapenémicos.
Según la Organización Mundial de la Salud (OMS), como resultado de la resistencia a los medicamentos los antibióticos se vuelven ineficaces y las infecciones se vuelven difíciles o imposibles de tratar.
La aparición y propagación de patógenos resistentes a los medicamentos amenaza nuestra capacidad para tratar infecciones comunes y llevar a cabo procedimientos que salvan vidas, como la quimioterapia contra el cáncer, la cesárea, los reemplazos de cadera, los trasplantes de órganos y otras cirugías.
El presente estudio, que proporciona la primera base de datos de bacterias resistentes a los antibióticos en España y una nueva metodología genómica para generar el perfil de ADN de estas bacterias, contribuye al plan de acción promovido por la OMS para hacer frente a esa amenaza global, relacionado con fortalecer la base de conocimiento y las pruebas a través de la vigilancia y la investigación de estas bacterias.
Referencia:
Alioto, Tyler S., et al. ‘Development of a Novel Streamlined Workflow (AACRE) and Database (inCREDBle) for Genomic Analysis of Carbapenem-Resistant Enterobacterales’. Microbial Genomics, 2023.
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