El primer genoma a escala cromosómica de esta especie supone un enorme paso para conocer más sobre su biología y para la conservación de los recursos pesqueros, según indican los investigadores del Instituto Mediterráneo de Estudios Avanzados y el Centro Nacional de Análisis Genómico que lideran el estudio.
Un grupo de investigadores del Instituto Mediterráneo de Estudios Avanzados, IMEDEA (CSIC-UIB), y del Centro Nacional de Análisis Genómico (CNAG) han conseguido descifrar el código genético del raor, una especie muy valorada y conocida. El Xyrichtys novacula, llorito o raor, como se conoce más popularmente, es un pez que se ha convertido en todo un icono mediático, sobre todo por la tradición pesquera en las Islas Baleares y su alto valor culinario. Menos conocidas son sus particularidades genéticas. Al igual que los humanos, los raors incorporan a su comportamiento cronotipos, es decir, preferencias individuales por los horarios en los que realizan sus actividades diarias, hecho que hace que haya raors activos que otros durante ciertas horas del día.
Se ha observado que tienen ciertos comportamientos sociales, donde los machos más agresivos defienden enérgicamente grandes parcelas de fondo arenoso, que incluyen los territorios más pequeños de las hembras de su harén. Estas peculiaridades comportamentales están codificadas genéticamente tanto en humanos como en animales terrestres.
En una población explotada por la pesca como la del raor, el hecho que determinados comportamientos tengan una base genética, puede resultar en la eliminación de ciertas variantes genéticas en las poblaciones naturales que pueden comprometer su futuro. Las poblaciones con poca diversidad genética tienen menos resiliencia y es a este punto donde entran en juego los estudios genéticos para garantizar el futuro del raor.
Conocer mejor qué características comportamentales y genéticas afectan la vulnerabilidad a la pesca, puede ser muy útil para diseñar medidas en el ámbito de la conservación y asegurar el futuro de esta especie
Josep Alós, uno de los científicos de la IMEDEA que lidera esta investigación, explica: “Conocer mejor qué características comportamentales y genéticas afectan la vulnerabilidad a la pesca, puede ser muy útil para diseñar medidas en el ámbito de la conservación y asegurar el futuro de esta especie. Desgraciadamente el código genético del raor no estaba disponible para evaluarlas”. El trabajo se publica en la revista DNA Research.
El código genético completo de una especie, o genoma, es el libro de instrucciones que contiene toda la información que, junto con las experiencias vitales y el entorno, determinan cómo es y cómo se comporta cualquier ser vivo, incluyendo nosotros mismos. Conocer todas las piezas que configuran este puzzle es muy complejo. Por ejemplo, han hecho falta casi 20 años para conocer el genoma humano completo.
Debido a los adelantos actuales en técnicas genómicas han aparecido iniciativas como el EBP, que tiene como objetivo obtener la información genética de unos dos millones de especies de plantas, animales, hongos y microorganismos. A partir de este proyecto a nivel mundial, nació la iniciativa catalana para el Earth Biogenome Project (CBP) impulsado desde la Sociedad Catalana de Biología y la Institución Catalana de Historia Natural con el apoyo del Institut d’Estudis Catalans, y que contribuye al catálogo mundial obteniendo información genética de especies endémicas o de interés local.
Utilizando una combinación de tecnologías genómicas de última generación hemos conseguido un ensamblaje de genoma anotado a escala cromosómica para esta especie
A través de este estudio, liderado por el Equipo de Ensamblaje y Anotación del Genoma y la Unidad de Secuenciación del CNAG y Margarida Barceló del IMEDEA, se ha conseguido
obtener toda la información genética contenida en los 24 cromosomas que tiene este animal. De acuerdo con el Responsable del Equipo del CNAG, Tyler Alioto: “Utilizando una combinación de tecnologías genómicas de última generación, como son las lecturas largas de Oxford Nanopore Technologies, las lecturas cortas de Illumina, Hi-C y la secuenciación RNA, hemos conseguido un ensamblaje de genoma anotado a escala cromosómica para esta especie. Estudios como el actual nos ayudan en CNAG a mejorar los procesos de genómica para continuar ampliando el catálogo disponible de genomas de referencia de alta calidad, como recurso para otros estudios genéticos y aplicaciones en el campo de la biodiversidad”.
Los raors tienen un cromosoma más que los humanos, a pesar de que la medida total de su genoma es más reducida. Su información genética se encuentra codificada en aproximadamente 780 millones de unidades de información genética, mientras que en humanos se ha estimado en 3.200 millones. Otra peculiaridad interesante de esta especie es su carencia de cromosomas sexuales. A los humanos, el sexo se nos atribuye en función de la combinación de dos tipos de cromosomas: XX para mujeres y XY para los hombres. En cambio, los raors no tienen esta diferencia cromosómica, puesto que son hermafroditas secuenciales.
Esto quiere decir que todos los raors nacen con sexo femenino y, pasados unos años, se convierten en machos. Este cambio está regulado por varios factores genéticos que cambian en un momento determinado de la vida del individuo y están relacionados posiblemente con factores internos de crecimiento y externos, como puede ser la ausencia de un macho dominante a su grupo social.
Nos permitirá entender mejor cómo están conectadas genéticamente las diferentes poblaciones de raors en las Islas Baleares
Barceló, explica: “Toda esta nueva información abre las puertas a muchos descubrimientos emocionantes. Por ejemplo, nos permitirá entender mejor cómo están conectadas genéticamente las diferentes poblaciones de raors en las Islas Baleares. Podremos determinar si se trata de poblaciones aisladas o si existen conexiones a través de las corrientes marinas. Además, este conocimiento nos ayudará a evaluar el estado de conservación a nivel genético de las zonas donde se practica una pesca más intensa en comparación con zonas protegidas, como las Reservas Marines. Esto, a su vez, nos dará herramientas para ofrecer asesoramiento a la administración para asegurar una gestión sostenible de la pesca tanto popular del raor”.
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