Científicos y científicas del departamento de Bioinformática del Centro de Investigación Príncipe Felipe han desarrollado una herramienta informática de análisis de genes que se ha convertido en una de las más citadas de su categoría, y por tanto en una de las más usadas por parte de otros investigadores en la obtención de los resultados de sus artículos científicos.
La herramienta recibe el nombre de Blast2GO y se utiliza en el campo de la investigación genómica para predecir la función de los genes desconocidos. En la actualidad, la investigación sobre los genomas da lugar a una ingente cantidad de datos sobre miles de genes extraídos de experimentos de secuenciación; y la única forma de operar con ellos es a través de métodos informáticos capaces de determinar la función de estos genes.
Así, Blast2GO sirve para elaborar una primera predicción de la función de los genes encontrados, y convierte en manejable un extenso volumen de datos gracias a la bioinformática.
El director del Centro de Investigación Príncipe Felipe, Rubén Moreno, señala que esta herramienta “es un ejemplo de la calidad de las avanzadas aplicaciones bioinformáticas que el CIPF pone a disposición de la comunidad científica, situándose como referente en el campo de la investigación genómica”.
La aplicación ha sido desarrollada por dos investigadores del laboratorio de Bioinformática del CIPF, - los científicos Ana Conesa y Stefan Götz-, y su uso es libre y gratuito para toda la comunidad científica a través de la página web del CIPF.
Una aplicación avalada por las cifras
El principal indicador de la eficiencia y del impacto de esta herramienta bioinformática del CIPF es el elevado número de citas recogidas en trabajos científicos, es decir, la cantidad de veces que otros científicos de distintos centros han usado la aplicación para el análisis de datos en sus investigaciones.
“Blast2GO ya ha acumulado alrededor de 200 citas por parte de artículos científicos hasta el momento actual, y está a la cabeza del conjunto de herramientas que desarrollan funciones similares”, señala la investigadora Ana Conesa.
Desde su creación en 2005, Blast2GO ha acumulado más de 79.000 usos, y ha sido utilizada por alrededor de 4.800 científicos de todo el mundo, una cantidad que ha convertido esta aplicación en la más empleada del conjunto de herramientas que realizan análisis similares en el campo de la investigación genómica. Tan solo en los últimos dos meses se han contabilizado alrededor de 8.000 usos o descargas de la herramienta,
Asimismo, Blast2GO recibe una media de 180 visitas diarias de empresas, universidades y centros de investigación repartidos por todo el planeta. Por zonas geográficas, los principales usuarios se sitúan en Europa, y en países como Israel, EE.UU y Canadá. En el continente asiático, destacan los usos de China y Japón, junto a otros laboratorios situados en India, Indonesia o Tailandia.
Dentro de esta proyección internacional, el uso de la herramienta se extiende por otros lugares como Australia, Argentina, o Sudáfrica. “Si observamos el mapa mundial de uso de la aplicación, vemos que coincide plenamente con las zonas del planeta donde se está haciendo investigación genómica”, afirma Ana Conesa.
Entre los visitantes habituales de la aplicación se encuentran centros de referencia como el Roslin Institute de Edimburgo -centro en el que se creó la oveja Dolly-, que ha firmado un acuerdo con el CIPF para el uso de la aplicación en sus estudios genéticos. Además, la herramienta es utilizada también por otros centros de gran prestigio en el campo de la investigación genómica como el UC Davis (Universidad de California), o el servicio de investigación agraria de EEUU (USDA, United States Department of Agriculture).
La aplicación bioinformática basa su funcionamiento en la combinación de un sistema anterior de análisis de secuencias genómicas denominado “BLAST”, con tecnologías informáticas de representación y extracción de información. En un principio, Blast2GO se gestó como una colaboración entre el Instituto Valenciano de Investigaciones Agrarias (IVIA) y la Universidad Politécnica de Valencia (UPV), y desde su ubicación en el CIPF ha alcanzado un crecimiento sustancial en su uso y funcionalidades.
Las razones del éxito
“Básicamente buscamos en las bases de datos públicas otros genes de secuencia parecida a los que se desea caracterizar y analizando la información que hay sobre los genes conocidos, podemos generar una predicción sobre la función de los desconocidos”, señala Ana Conesa. Los científicos del CIPF han perfeccionado este método para que esta primera predicción se desarrolle de una manera muy rápida, fiable y asequible al investigador genómico.
El bioinformático Stefan Götz explica que la herramienta “resulta muy fácil de utilizar para los biólogos y a la vez es muy potente, por su capacidad para analizar muchos datos al mismo tiempo. Gótz asegura que de este modo “se extrae la información más relevante de forma muy rápida y a gran escala, con búsquedas y procesamiento de datos aplicados a decenas de miles de genes”.
El sistema con el que funciona Blast2GO cuenta con otros elementos que permiten desarrollar análisis estadísticos sobre los datos que van más allá de la primera predicción, y que ayudan al manejo y procesamiento de la información recopilada en los experimentos genómicos. “Cuando un investigador está caracterizando el genoma de un organismo nuevo, encuentra en la aplicación una herramienta amigable e intuitiva que además le ofrece la posibilidad de comparar datos para saber por ejemplo cuál es la función más abundante, si es igual en organismos parecidos, o si tiene unas características que no tienen otros”, apunta Ana Conesa.
Además, el programa ofrece un servicio de atención al usuario a través del cual se solucionan dudas y consultas. En este sentido, la aplicación está en continua revisión y mejora, ya que como afirma Conesa, “esta retroalimentación permite que la herramienta se perfeccione con el apoyo de la comunidad científica, de acuerdo con las solicitudes y sugerencias de los propios usuarios”.
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Investigadores de la Universidad de León han aplicado redes neuronales artificiales a imágenes captadas con drones para reconocer, con un 95 % de acierto, la huella que dejaron las explotaciones auríferas de los romanos en el noroeste peninsular. El sistema se puede aplicar para reducir los riesgos asociados a las minas abandonadas, que causan pérdidas humanas y económicas en todo el mundo.
